4. Internationales ESCEC-Symposium



Das Zeitalter nach den "-omik-Wissenschaften" läßt sich durch die Erforschung dynamischer Prozesse in und zwischen Zellen, Geweben und Organen charakterisieren. Diese Untersuchungen werden mit einer Kombination interdisziplinärer Verfahren sowohl theoretischer als auch experimenteller Natur durchgeführt. Ein Aspekt intrazellulärer Dynamik betrifft die Bestimmung komplexer metabolischer Netzwerke, deren hochdynamisches Verhalten und die damit verbundenen mechanistischen Reaktionswege.

Die fortdauernde technischen und methodischen Fortschritte und Verbesserungen führten dazu, daß heutzutage biochemische Reaktionsweg-Analysen viel detaillierter und mit deutlicher erhöhter Effizienz und Genauigkeit durchgeführt werden können.

Allerdings haben diese Fortschritte zu der verwirrenden und höchst unerwünschten Situation geführt, daß man versuchte, aus den experimentellen Daten funktioneller Enzym-Charakterisierungen maximalen Nutzen zu ziehen, indem eine Vielzahl von experimentellen Designs und Analyseverfahren angewandt verwendet wurden. Die Folge ist  das Fehlen systematischer Sammlungen von vergleichbaren funktionellen Enzym-Daten. Die Voraussetzung für die Vergleichbarkeit und Verläßlichkeit dieser Daten ist die Bereitstellung fundamentaler Informationen über den experimentellen Aufbau, die Ergebnisse sowie über die Standardisierung der Bedingungen und Verfahren der durchgeführten Experimente.

Tatsächlich ist die aktuelle Lage nicht ermutigend: Die Qualität der veröffentlichten experimentellen Enzym-Daten ist unzureichend für die Bedürfnisse der Untersuchungen auf Systemebene und somit weder für Modellierungen und Simulationen noch für die funktionelle Charakterisierung der einzelnen zellulären Komponenten anwendbar. Folglich muss eine qualitativ hochwertige Balance zwischen experimentellen Input-Daten und modellierten Output-Daten geschaffen werden.

Die im Jahr 2004 gegründete STRENDA-Kommission (Standards for Reporting Enzyme Data) beschäftigt sich mit der Verbesserung der Qualität zu publizierender funktioneller Enzym-Daten, um unter anderem die Anwendung der Enzymkinetik in In-silico-Untersuchungen biologischer Systeme zu unterstützen. Die Kommission entwickelte hierzu eine Reihe von Richtlinien für die Veröffentlichung von Daten in Zeitschriften. Diese Richtlinien sollen, zusammen mit den Empfehlungen anderer Initiativen, die sich ebenfalls mit der Standardisierung sowohl der Veröffentlichungspraxis als auch experimenteller Verfahren beschäftigen, dazu dienen, den Weg zur "Good Publication Practice", zur Sicherung von Datenqualität und-Identifizierung, zu ebnen.

Das vom Beilstein-Institut zusammen mit der STRENDA-Kommission organisierte 4. ESCEC Symposium bot eine Plattform zur Diskussion der bestehenden Richtlininen, weiterer Vorschläge und Verbesserungen der Empfehlungen. Dieses Symposium wurde auch genutzt, um die vielfältigen Initiativen zur Standardisierung miteinander zu vernetzen. Dabei wurde Mitgliedern der Editorial Boards von Zeitschriften, Vertretern von Förder- und Forschungsorganisationen sowie Experimentatoren und Theoretikern die Gelegenheit geboten, Themen zu erörtern, wie bespielsweise diese umfangreichen Datensätze in Standard-Datenmodellen, aber leicht zugänglicher Weise organisiert und gespeichert werden können, welche neuen experimentellen Werkzeuge entwickelt müssen, um diese Daten zu sammeln und in interaktiven Modellen zu konfigurieren, welche Parameter gemessen werden sollten, welche Art von Daten die mindestens erforderliche Information ausmachen und welche experimentellen Bedingungen empfohlen werden sollten.